Présentation générale :
Le parcours MAPES est ouvert aux étudiants qui souhaitent acquérir une formation de haut niveau dans le domaine de la microbiologie, et en appliquer les concepts à l’analyse et à la résolution de problématique touchant à l’environnement (analyse de la diversité, pollutions, bioremédiations), la sécurité sanitaire (épidémiologie, transmission des pathogènes, origine, résistances aux traitements, contrôle qualité), bien encore la valorisation industrielle. Elle résulte d’une évolution du DESS, puis du Master de Microbiologie Appliquée et Génie Biologique en réponse à une demande forte des laboratoires et des entreprises concernées pour une formation en microbiologie dans les domaines de l’environnement, de la santé humaine, de la nutrition et de la valorisation des ressources biologiques. Cette formation s’ouvre vers des postes de cadre en R&D ou en recherche fondamentale, mais également vers des activités de management ou de conseil dans des structures publiques ou des entreprises qui ont une activité en relation avec la santé et/ou l’environnement et dans lesquelles la microbiologie occupe une place importante.
Organisation :
Les enseignements théoriques sont dispensés sur le campus de Jussieu et dans l’une des stations marines de l’UPMC, à Banyuls-sur-mer, qui dispose d’une plateforme de premier plan dans l’analyse des microorganismes marins. Les étudiants pourront y être formés aux techniques les plus innovantes de l’analyse microbiologique. Les stages pourront – après validation par le comité pédagogique – être réalisés dans des structures publiques (laboratoires de recherche notamment), des Instituts de recherche ou en entreprise. Afin de maintenir une cohérence dans les promotions, le comité pédagogique souhaite que les stages soient répartis également entre ces deux catégories.
PARCOURS CONSEILLÉ
UE projet (6 ECTS) : Biodiversité et valorisation des microorganismes.
Organisée à l’Observatoire Océanologique de Banyuls-sur-mer, cette UE permet d’acquérir de solides connaissances dans le domaine de la biodiversité et des biotechnologies appliquées aux microorganismes. Le monde microscopique fascine de plus en plus car il est très diversifié, encore peu exploré et source de découvertes importantes dans le domaine de la recherche fondamentale et appliquée. Si la biodiversité des microorganismes est accessible par les méthodes moléculaires, il est important de pouvoir les isoler, les caractériser et étudier leurs potentialités biotechnologiques. Cette UE a pour objectif de décrire la diversité des grands groupes de microorganismes (virus, bactéries, phytoplancton, protozoaires, champignons), de traiter des méthodes d’étude et de prospection de la diversité microbienne et des axes de valorisation de cette biodiversité, en particulier dans le domaine des biotechnologies. Cet enseignement organisé avec la participation de nombreux chercheurs du monde académique et du monde industriel ouvre sur une large diversité de champs d’applications tant dans le domaine fondamental que appliqué. L’enseignement pratique bénéficiera des équipements de pointe utilisés dans les laboratoires de recherche et les étudiants seront amenés à réaliser des analyses approfondies sur des échantillons qu’ils auront collectés lors de sorties en mer.
UE de spécialisation (12 ECTS) : De la santé des écosystèmes à la santé humaine.
Cette unité d’enseignement réuni en fait deux cycles de cours. Le premier (UE : Risques microbiologiques naturels ou provoqués) se propose d’aborder un thème central : celui de l’évaluation du risque infectieux et de l’analyse des pathogènes. Le risque microbiologique concerne tous les secteurs de l’activité humaine. Sa maîtrise passe par la connaissance du pouvoir pathogène des principaux agents responsables de maladie, des voies de transmission (chaines épidémiologiques), des moyens d’analyse et de recherche, et enfin par la connaissance des instances qui gèrent, à l’échelle nationale et internationale, les questions en relation avec le risque infectieux. Cette UE est ouverte aux étudiants qui désirent exercer une activité de recherche, de développement ou d’analyse des maladies transmissibles. La deuxième unité d’enseignement est consacrée à la Qualité des milieux aquatiques et au développement durable. Les milieux aquatiques sont soumis à la pression croissante des pollutions (microbiologiques, et organiques) générés par les activités anthropiques. Ces pollutions peuvent avoir des conséquences lourdes sur la qualité écologique du système (eutrophisation), l’économie touristique (insalubrité, nuisances), les productions aquacoles (mortalités, interdiction de ventes), et sur la santé humaine (présence de microorganismes pathogènes ou prolifération d’algues toxiques). Dans le cadre de cette UE, ces différents impacts seront abordés sous l’angle de la microbiologie environnementale en étudiant notamment la réponse des microorganismes aux conditions d’eutrophisation, le rôle des bactéries dans la dégradation de la matière organique (milieu récepteur et ouvrage d’épuration), ou bien encore l’écologie des microorganismes pathogènes et toxiques et les moyens de contrôle dans l’environnement. Les enseignements se feront en grande partie sous la forme d’ateliers pratiques consacrés notamment aux méthodes analytiques de recherche des germes d’intérêt sanitaire (normalisées et alternatives et novatrices), mais aussi sous la forme de rencontres avec des professionnels gestionnaires ou utilisateurs des ressources en eau. Cette UE permettra également d’initier les étudiants aux cadres législatifs et réglementaires donnés par les nouvelles directives européennes. La formation générale pourra être utile pour tout étudiant souhaitant travailler dans les domaines de la gestion des milieux aquatiques ou de la recherche en écologie microbienne.
UE analyse scientifique (6 ECTS) : Séminaires et rédaction scientifiques.
La synthèse et la communication des données scientifiques sont deux éléments essentiels de l’activité des enseignants et des chercheurs. Les étudiants, encadrés par un tuteur scientifique spécialiste du domaine, travaillent à la mise en forme et à la restitution orale et écrite d’une synthèse scientifique qui prend appui sur un ensemble de publications de référence. Ce travail fait l’objet d’une restitution publique orale, et d’une revue rédigée dont les meilleurs peuvent être éventuellement publiées.
UE d’ouverture (6 ECTS) :
Au choix parmi l’ensemble des UE d’ouverture proposées à l’université. En raison du nombre de places souvent limité, le choix de cette UE doit être fait très tôt dans l’année.
UE de stage (30 ECTS) :
Le stage devra permettre de démontrer les aptitudes de réflexion et les capacités techniques et méthodologiques des étudiants, confrontés à une question scientifique ou technique inédite. Le stage est sanctionné par une présentation orale et un rapport détaillé d’environ 30 pages, qui reprend l’architecture d’une publication scientifique lorsqu’il s’agit d’un stage de recherche. Les stages réalisés en entreprise devront illustrer la connaissance qu’ont acquis les étudiants des problématiques de l’entreprise, définir la question posée et démontrer les mesures mises en place pour apporter une solution scientifique, technique, organisationnelle ou managériale satisfaisante. Les stages de recherche devront prendre fin en juin de façon à permettre aux étudiants de préparer les concours d’allocations aux Ecoles doctorales. Les stages en entreprise, après accord du comité pédagogique, pourront faire l’objet d’une soutenance en septembre.
AUTRES INFORMATIONS
Informations pédagogiques :
- Pr Vincent Maréchal (vincent.marechal@upmc.fr) (Paris UPMC)
- Pr Philippe Lebaron (lebaron@obs-banyuls.fr) (Paris et Banyuls UPMC)
- Dr Julia Baudart (baudart@obs-banyuls.fr) (Paris et Banyuls UPMC)
Secrétariat pédagogique : Bogart Gustave (bogart.gustave@upmc.fr)
Capacité d’accueil des UE de l’Observatoire Océanologique de Banyuls sur mer : 18 étudiants maximum
Station marine Banyuls : http://www.obs-banyuls.fr