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PrÉsentation gÉnÉrale

La microbiologie est aujourd’hui plus que jamais au centre de problématiques à très fort impact cognitif (exploration de la biodiversité microbienne, compréhension des origines de la vie, génétique et expression des microorganismes, évolution et adaptation au milieu, analyse fonctionnelle des écosystèmes), médical (maladies infectieuses émergentes, dissémination des bactéries multirésistantes, diagnostic et évaluation des nouveaux risques infectieux, identification de nouvelles cibles thérapeutiques, définition de stratégies thérapeutiques et vaccinales innovantes dans le domaine bactériologique, virologique ou parasitaire) et sociétal (impact des microorganismes sur les activités humaines, impact de l’homme sur les écosystèmes microbiens, biotechnologies microbiennes, recherche et valorisation de nouvelles molécules microbiennes à fort potentiel anti-infectieux ou anti-tumoral par exemple, analyse et gestion des risques).

Publics

Etudiants universitaires, médecins, pharmaciens, vétérinaires et élèves ingénieur ayant suivi un cursus de master (M1) en biologie ou une formation équivalente.

PrÉrequis


Le parcours est ouvert à des étudiants ayant des bases solides en sciences du vivant (notamment en biologie cellulaire, en biochimie, en génétique et en immunologie) et qui souhaitent rejoindre les secteurs de la recherche académique ou appliquée, l’enseignement supérieur ou occuper des postes de cadre dans les secteurs d’activité dans lesquels la microbiologie occupe une place prépondérante : industries de la santé ou ayant un fort impact environnemental, biotechnologies, valorisation, conseil, communication scientifique…
Les étudiants scientifiques inscrits dans la mention "Biologie moléculaire et cellulaire" de master sont invités à suivre en M1 deux unités de microbiologie ou bien une unité en microbiologie associée à un stage dans ce domaine.

Objectifs pÉdagogiques

 

Le parcours comprend quatre thématiques de formation par la recherche ("Bactériologie", "Virologie", "Parasitologie-Mycologie" et "Microbiologie-Environnement-Santé") et une thématique en alternance par la voie de l’apprentissage ("Qualité-Environnement-Sécurité sanitaire").
Selon les thématiques et la nature du stage pratique, le parcours "Microbiologie" s’ouvre à une poursuite d’étude (doctorat ou double cursus en management, valorisation, santé publique, épidémiologie) ou permet l’accès immédiat à des postes d’ingénieur, de cadre dans les industries de la santé ou de l’environnement, dans les collectivités ou dans des cabinets conseil par exemple.

ThÉMATIQUES de formation par la recherche

Objectifs spécifiques : Les thématiques de formation par la recherche forment les étudiants aux outils les plus performants de la recherche scientifique en microbiologie et dans les disciplines connexes. Les thématiques sont conçues de façon à former les étudiants (1) à établir un état des connaissances sur une thématique de recherche spécifique (analyse bibliographique – production d’une revue publiable), (2) à imaginer un axe de recherche original, (3) à identifier les moyens logistiques (technologiques, humains et financiers) requis pour traiter une question scientifique originale (formation à la rédaction d’un projet de recherche), (4) à mettre en œuvre un projet de recherche en laboratoire (stage pratique) et (5) à analyser, mettre en forme et présenter des résultats originaux en français et en anglais (présentation orale, formation à la rédaction d’articles originaux) à un public expert ou non-spécialiste.
Organisation : Les thématiques de formation par la recherche comprennent des unités d’enseignement théorique (30 ECTS) et un stage pratique (30 ECTS – 6 mois) qui peut être réalisé dans le secteur public ou en entreprise. La plupart des sujets de stage sont adressés par les laboratoires partenaires au comité pédagogique, validés et présentés aux étudiants. Ils peuvent être réalisés partout en France ou à l’étranger. Par ailleurs, les étudiants sont invités à engager eux-mêmes une recherche de stage très dynamique. Les sujets devront de la même façon être obligatoirement soumis à l’approbation des responsables pédagogiques des thématiques.

 

 

L’UE de projet scientifique (5V091, 6 ECTS) est le plus souvent un cycle de conférences à l’issu duquel les étudiants doivent être en mesure de concevoir et de proposer un projet de recherche scientifique sur une problématique innovantes. L’UE de spécialisation (12 ECTS) permet d’acquérir les concepts spécifiques de la thématique. Ces UE, sous forme de cours et de conférences, permettent de réunir des chercheurs et enseignants-chercheurs qui ont une expertise internationale reconnue dans les secteurs considérés. Elle peut s’appuyer également sur des travaux pratiques de très haut niveau. L’UE d’analyse scientifique (5V051, 6 ECTS) forme les étudiants à la réalisation d’une revue de synthèse scientifique, qui donne lieu à un séminaire public et à la rédaction d’une revue (anglais ou français) selon les standards scientifiques. Réalisée par petits groupes sous la direction d’un tuteur expert du domaine, cette revue donne parfois lieu à une publication dans une revue d’audience nationale. Les UE d’ouvertures (6 ECTS), choisies individuellement sur les conseils des comités pédagogiques, permettent d’acquérir des aptitudes méthodologiques ou de nouvelles connaissances visant à renforcer la construction individuelle du parcours professionnel.


Descriptif des ThÉMATIQUES de formation par la recherche :


Thématique "Virologie" (en collaboration avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l'Institut Pasteur) - Contact : vincent.marechal@upmc.fr
Associant virologie fondamentale, biologie cellulaire et structurale, génétique et immunologie, cette thématique se propose de mieux faire comprendre les virus afin de développer les stratégies qui devront être appliquées en réponse aux défis que nous opposent les infections persistantes (VIH, hépatites B et C, herpesvirus, ...), les infections transformantes (cancers associés aux virus), l’éradication des infections anciennes (po- liomyélite) et la lutte contre les nouvelles infections dites émergentes (SRAS, arboviroses émergentes, etc). Les stages, d'une durée maximale de six mois,  sont réalisés dans des laboratoires de recherche proposés par le comité pédagogique, ou sur proposition des étudiants après validation par le comité pédagogique. Deux options "Virologie fondamentale" (Cours Pasteur) ou "Virologie moléculaire et médicale" sont proposées.

Thématique "Bactériologie" (en collaboration avec les Universités Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que l'Institut Pasteur) - Contacts : guennadi.sezonov@upmc.fr et guillaume.arlet@upmc.fr
Il s'agit d'une formation par et à la recherche qui forme aux concepts, aux approches et aux technologies de la microbiologie moderne. Cette thématique est ouverte aux étudiants qui souhaitent acquérir une formation de très haut niveau dans le domaine de la bactériologie sous un angle fondamental (option cours Pasteur "Microbiologie fondamentale") ou à travers l’étude des bactéries d’intérêt médical (option "Bactériologie moléculaire et médicale"). Plus spécifiquement, sont abordées les notions de biodiversité, de régulation de l’expression génétique, de relations hôtes-pathogènes, les mécanismes de pathogénicité, etc. Les microorganismes étudiés sont d’une part, des bactéries pathogènes pour l’homme (Listeria, Mycobacterium, Streptocoques et Neisseria), des flores commensales ainsi que des bactéries modèles (E. coli et B. subtilis). Les stages, d'une durée maximale de six mois, sont réalisés dans des laboratoires de recherche.

Thématique "Parasitologie-Mycologie" - Contact : dominique.mazier@upmc.fr
Cette thématique forme des chercheurs ou des cadres en charge de la lutte contre les maladies parasitaires et fongiques, humaines ou animales. Cette formation passe par une meilleure connaissance, au niveau cellulaire et moléculaire, du pathogène (parasite ou champignon), du phénomène parasitaire et des interactions hôte-pathogène, qui est la base indispensable aux parasitologues et aux mycologues fondamentalistes ou plus impliques´ dans une démarche clinique, diagnostique, thérapeutique ou encore dans des actions de valorisation. Elle permet de mieux appréh´ender la physiopathologie des maladies parasitaires et fongiques et d’aborder les stratégies vaccinales et thérapeutiques. Les stages, d'une durée maximale de six mois, sont réalisés dans des laboratoires de recherche proposés par le comité pédagogique ou sur proposition des étudiants après validation par le comité pédagogique.

Thématique "Microbiologie-Environnement-Santé" (en collaboration avec le Muséum National d’Histoire Naturelle) - Contact : joux@obs-banyuls.fr
L’étude des microorganismes de l’environnement, leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes, leur impact en santé humaine et leur potentiel de valorisation biotechnologique est plus que jamais d’actualité. La thématique "Microbiologie-Environnement-Santé" vise à répondre aux demandes grandissantes des laboratoires académiques et des entreprises dans des domaines variés comme la recherche fondamentale, la valorisation des microorganismes dans l’industrie, les écotechnologies, l’évaluation du risque sanitaire dans l’environnement en général et dans les milieux aquatiques en particulier, le diagnostic environnemental, l’analyse de l’anthropisation des milieux, ... Cette thématique s’appuie sur des connaissances et des compétences dispensées en écologie microbienne, en écotoxicologie, en biochimie, en biologie moléculaire, en bioinformatique et en chimie. Les stages, d'une durée maximale de six mois, sont réalisés dans des laboratoires de recherche académiques ou en entreprise. Ils sont proposés par le comité pédagogique ou par les étudiants après validation par le comité pédagogique.


Partenariats


L’excellence des formations dispensées est le fruit de collaborations étroites établies entre le comité pédagogique du parcours et des partenaires académiques de renommée internationale dans les secteurs de formation concernés. Ceux-ci participent à l’animation de la formation (cours/conférences) et à la proposition de stage dont le comité pédagogique valide le haut niveau et l’adéquation aux objectifs de formation.
Les thématiques de virologie et de bactériologie sont organisées conjointement par les Universités Pierre et Marie Curie, Paris-Descartes et Paris-Diderot ainsi que par le Centre d’Enseignement de l’Institut Pasteur.
La thématique Microbiologie-Environnement-Santé est co-organisée par l’Université Pierre et Marie Curie et le Muséum National d’Histoire Naturelle (Paris).


formation en apprentissage par la voie de l’alternance

 

- Thématique "Qualité-Environnement-Sécurité sanitaire" (QUESS) (co-responsables Pr Vincent MARECHAL et Dr Jean-Pierre GRILL)

Objectifs spécifiques : Accessible en M1 ou en M2, la formation permet de répondre aux attentes des entreprises et des collectivités souhaitant faire appel à des expertises transversales en matière de qualité et de gestion des risques. Cette expertise repose notamment sur la capacité à analyser, maîtriser, prévenir et gérer les risques en respect des législations et des normes en vigueur. Plus généralement, la thématique se propose de former des cadres polyvalents - de formation scientifique - capables de répondre à tous les enjeux de la qualité et de la gestion des risques et/ou susceptibles d’animer des projets de recherche & développement en relation avec la sécurité sanitaire et l’environnement.

Organisation : La thématique de formation par la voie de l’alternance forme les étudiants à la gestion de projets en entreprise, dans le domaine de la qualité et/ou de la gestion des risques. Cette thématique apporte conjointement une formation scientifique large (microbiologie, toxicologie, biostatistiques, veille et analyse documentaire) et des connaissances transversales en management de la qualité, gestion des risques, économie de l’entreprise, gestion de projet, création d’entreprise, anglais et communication (écrite ou orale). Ces connaissances sont valorisées par le jeu de l’alternance (15 jours de présence à l’université - 15 jours de formation en entreprise).

 

 

Partenariats : La thématique en apprentissage QUESS est conduite en collaboration avec le CFA-UPMC (une des 25 écoles de la Chambre de Commerce et d’Industrie Région Paris Ile-de-France). Il s’appuie sur un réseau d’entreprises très large intervenant dans le domaine de la santé, de l’environnement, du secteur agro-alimentaire ou de la grande distribution, mais également de la sûreté nucléaire, de l’industrie automobile, etc.

Contacts

Responsables du parcours  :
Docteur Jean-Pierre Grill : jean-pierre.grill@upmc.fr
Professeur Guennadi Sezonov : guennadi.sezonov@upmc.fr
Secrétariat pour le parcours :
Lydie Féron: lydie.feron@upmc.fr- (01 44 27 21 27)
Secrétariat pour le parcours QUESS : Marc Gaudin (01 44 27 47 76)

Département de formation "Biologie moléculaire et cellulaire"
Master "Sciences, Technologies, Santé" Université Pierre et Marie Curie, Tour 33-34, 1er étage, Pièce 111.
Case postale 147 - 4, place Jussieu, 75252 Paris Cedex 05

 

 

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