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Le département de formation de la mention "Biologie moléculaire et cellulaire" de master est rattaché à l’UFR de Biologie (UFR 927) et est placé sous l’autorité d’un directeur nommé pour un mandat de quatre ans renouvelable une fois. Le département de formation étant chargé de l’organisation des enseignements de la mention de master, il regroupe, à ce titre, l’ensemble des personnels et des étudiants concernés. L’équipe de formation universitaire (EFU) de la mention est dirigée par le directeur du département. L’EFU est aidée dans sa tâche par une équipe administrative qui assure la gestion de la scolarité administrative et pédagogique, des crédits et des locaux.
Le département est doté d’un conseil renouvelé tous les 4 ans, il est constitué de membres de droits et de membres élus parmi les personnels (enseignants-chercheurs, IATOS) et les étudiants. Le conseil se réunit 2 à 3 fois par an et délibère sur toutes les décisions liées à la politique pédagogique du département.
Le département de formation est doté également d’un conseil de perfectionnement composé de représentants du monde socioprofessionnel, d'étudiants et de l’équipe enseignante renouvelé tous les 3 ans. Ce conseil se réunit une fois par an. Il a un rôle consultatif et d’aide au pilotage pour faire évoluer les formations, le suivi des étudiants et la politique de stage et l’insertion professionnelle. Il contribue à la promotion par des actions de rapprochement et d’échanges entre les milieux professionnels et universitaires du domaine.